Interní oddělení získalo akreditaci pro obory vnitřní lékařství, intenzivní medicína, gastroenterologie, diabetologie a endokrinologie, angiologie a nefrologie. Ročně hospitalizuje okolo 3 500 pacientů, provede více než 30 000 ambulantních vyšetření a okolo 30 000 různých diagnostických a léčebných výkonů. Spádovou oblastí je bývalý okres Zlín a vysoce specializovaná péče je poskytována pacientům celého Zlínského kraje. Vysoce specializovaná péče ve vnitřním lékařství je ve Zlínském kraji soustředěna do KNTB, a to v oborech diabetologie, gastroenterologie a nefrologie.